肾功能不全患者使用抗菌药物进行治疗，不仅需要谨慎地选择药物种类，对药物的剂量也需要谨慎把握。这需要依据肾功能减退时药物在体内过程（吸收、分布、代谢、排泄）的改变以及对肾脏的毒性大小来决定。
需要维持原剂量或略减的抗菌药物
需要维持元剂量或略减的抗菌药物，主要是指一些在肝脏内代谢或主要自肝胆系统排泄的药物，如大环内酯类（红霉素、麦迪霉素、螺旋霉素等）、利福平、多西环素、林可霉素类等。
需要适当调整剂量的抗菌药物
这一类抗菌药物需要经过肾脏进行排泄，但肾功能不全患者在使用时，会使代谢毒物在体内明显积聚，因此使用时应根据情况适当调整剂量。此类药物包括青霉素和头孢菌素类的大多数品种，如青霉素、羧苄西林、阿洛西林、头孢唑啉、头孢噻吩、头孢氨苄、头孢拉定、头孢西林、头孢呋辛、头孢他啶、头孢唑肟等。
需要显着减少剂量的抗菌药物
对于一些有明显肾毒性，并且主要经肾脏排泄的抗菌药物，如氨基糖苷类、万古霉素、多黏菌素类等，对于肾功能不全的患者来讲其肾毒性会有明显的体现，因此最好能避免使用，如必须使用时，则需要显着减少剂量，并严密观察。
需要禁用的抗菌药物
一些抗菌药物具有四环素类（多西环素除外），呋喃类，萘啶酸，头孢噻啶等，肾功能不全患者食用后可明显加重氮融血症，或可在体内明显积聚，而导致神经系统毒性反应，因此应当禁用。