阴茎短小，普遍是由于心理原由引发的，真正意义上的阴茎短小发生概率不到5%，也就是说小阴茎并不通常。
有些男人经常担忧自己的阴茎偏小，难以使女方在性生活中得到满足，这种担忧实属不必。从性功能角度讲，关键是勃起，阴茎再大，但不能勃起岂不是枉然。从女士角度来讲，由于女士阴道的伸缩能力很强，能适应大、小不一样的阴茎。阴道的神经末梢全集中在外1/3段，能产生对阴茎的“紧握”作用，这对双方的性刺激都十分重要。所以，阴茎的大小对于阴道的觉得怎么样来说意义不大。
性能力的强弱并不在于阴茎的大小。能不能满足女方的性要求，主要在于阴茎能不能良好勃起，以及性技术的把握与发扬。不切实际地和过分担忧阴茎的大小，会削弱自信心，还会产生焦虑情绪，这些都不利于男人性功能的正常发扬。
某男科门诊曾经接诊过这样一位病人：35岁的罗先生，一表人才，从事高管职位，有房有车，可他从不谈婚论娶，最近在母亲的再三督促下，罗先生竟申请公司派其到国外工作。究其原由，因其阴茎短小，害怕结婚后无法进行性生活和生养。经诊断，其阴茎长度及周径均属正常。因他在大学洗澡时，看到别人的阴茎都比自己粗长，这个误解使他痛苦了十多年。
据一家网站的问卷调查表明：有70%的男性希望自己的阴茎长且粗大，这样他们能在自己的性伴侣眼前显示男性的威猛和自信。
阴茎大小的几乎是每个男人都很关怀的问题，大大部分男性都有“惧短情结”，总是担忧自己性器太小，尤其有阳痿等性功能障碍者，对阴茎的大小十分敏感，围绕着阴茎大小的迷惑又经常转化为自卑和焦虑，使他们无故吃尽苦头。
阴茎短小之痛真正的小阴茎实际上是一种先天性不正常，它往往是在婴幼儿时期就开始有所体现。
1、婴儿阶段，当牵拉阴茎时，阴茎的长度小于1cm，为小阴茎。9岁前的儿童，如果阴茎小于3cm，成年人阴茎小于5cm，就能够确认为阴茎发育不正常。
2、第二性征发育不好的：如声带、胡须、腋毛、阴毛、喉结等。
3、性器官发育不正常，性功能障碍，无勃起功能，无精子，无生养能力。
小阴茎成因阴茎是在脑下垂体分泌的滋长激素、促性腺激素和睾丸产生的睾酮的作用下滋长发育的，如果母体妊娠第6~9个月期间，睾酮分泌不足，胎儿阴茎发育低于正常速度，出生时阴茎便会较小。
另外，如阴茎雄性激素受体缺乏，5-α还原酶缺乏等也可导致小阴茎。小阴茎常与先天性双侧隐睾，睾丸发育不好的，脑下垂体功能减退，两性畸形伴随存在。
原由不明的特发性小阴茎，这种状况约占小阴茎病例总数的20%。