由于红斑狼疮患者在妊娠期间为了防止病情突变，因此红斑狼疮患者需服用药物进行控制，但有些药物患者在妊娠期间是禁止服用的。
环磷酰胺容易导致胎儿畸形
妊娠期间使用各种剂量的环磷酰胺对人和各种试验动物均有明显致畸作用(Ⅲ级)，因此妊娠期禁用该药。妊娠早期用药会导致脑、颜面结构、肢体、内脏器官的广泛畸形，中晚期用药则可引起胎儿生长受限、造血抑制和神经系统发育受损。妊娠前用药不增加胎儿畸形和流产发生率，停药3个月后可妊娠。
甲氨蝶呤和来氟米特影响骨骼发育
这两种药物可干扰叶酸代谢，影响中枢神经系统和骨骼发育，禁用于妊娠期。甲氨蝶呤停药3个月以上可妊娠;因存在肠肝循环，来氟米特的排泄期长达2年，服用考来烯胺可缩短至6个月。
硫唑嘌呤可致胎儿骨骼缺陷
动物试验表明，4～13倍治疗量的硫唑嘌呤可导致胎儿骨骼缺陷和多种畸形;但临床研究显示，硫唑嘌呤并不会引起胎儿先天畸形增加和儿童期免疫功能异常。
研究显示，当硫唑嘌呤使用剂量超过2mg/(kg·d)时，胎儿可出现一过性无症状染色体异常、一过性淋巴细胞减少及严重免疫和骨髓抑制。因此，在妊娠期可应用硫唑嘌呤，但不应超过上述剂量(Ⅱ级)。
吗替麦考酚酯可致孕妇流产
非对照的临床分析发现，应用吗替麦考酚酯治疗的妊娠患者流产率达26.3%，活产胎儿中先天畸形率高达47.6%，故禁用于妊娠女性(Ⅲ级)。妊娠前应停药至少6周(Ⅳ级)。
大剂量环孢素影响胎儿智力
动物试验表明，环孢素10mg/(kg·d)的剂量对胎儿无影响，而25～100mg/(kg·d)则可能出现胚胎毒性。在临床试验中，环孢素治疗组胎儿先天畸形、早产和低体重发生率与普通人群无差异;但在出生后1～12年，16%的儿童会出现早熟和智力发育迟缓。因此，推荐在妊娠期间维持使用环孢素A的最低有效剂量(Ⅰ级)。
生物制剂具有胎毒或致畸性
动物试验未发现生物制剂具有胚胎毒性或致畸性，但目前有关抗肿瘤坏死因子拮抗剂和抗CD20抗体等生物制剂在妊娠期使用安全性的数据仍缺乏，因此推荐妊娠前停用此类药物。