自慰也是一种房事方式，但凡是房事都有可能传播性疾病，自慰也不例外。自慰时只要手和器具没有接触过STD病原体的话，就不会感染。
自慰时只要平时注意个人卫生，保持YD清洁的话，不共用毛巾、衣物、碗筷甚至剃须刀、针筒等，外出注意选择卫生条件好的饭馆、旅店，不会染上性病。
但也有例外情况，假如自慰前手部曾接触过带病原体的病人或物品而没能彻底清洁干净，或者是同性、异性之间通过接触对方生殖器的自慰方式，而其中一人是带病者的话，那么就会有机会传播并感染性病。而且，自慰同时会使体质耗损，也可造成对生殖器官的过分摩擦，常见包皮磨损，严重时可有皮下出血或合并感染，使全身和局部的抵抗力下降，对各种病原体包括STD的病源的抵抗力减弱，增加致病的危险。
虽然，自慰对身体和精神都不会产生损害是医学家和性学家公认的事实，但频繁而过度的自慰，对身体还是会造成一定影响的。例如在精神心理上会引起疲惫、困怠、无精打采的症状；对泌尿生殖系统，过分地摩擦性器官会使皮肤黏膜破损，严重的会导致皮下出血、包皮水肿甚至嵌顿而需急诊手术，或出现慢性盆腔充血、无菌性前列腺炎、精囊炎、膀胱炎，甚或日后的阳痿、早泄和高潮障碍等。
这些病与STD的症状有相似之处，但这些只能称为泌尿系、生殖系统或精神性疾病，不了解的人就会以为自己患了性病，碍于面子往往羞于到正规医院诊治，而误信街头江湖游医，最后浪费金钱又耽误了诊疗时机，造成严重的心理和身体负担。而由非STD病原体引起的泌尿、生殖系统的疾病，是不能称之为性病的。即使是由STD病原体感染而患性病，也不一定完全是由不洁行为引起的，自然不必耻于上医院；而真正有不良行为的患者，更应争取时间治疗，不让其发展造成更严重的后果，并洁身自爱，才是明智之举。
科学对待自慰行为，对之采取正确的态度，不恐惧、不抗拒、不沉迷、不过度，使之更好地为自身服务，维持性器官的敏感性，促进身体健康。同时也应增加性传播疾病的知识，采取安全性行为。