选择可靠的医院目前国家规定，门诊药流仅限于停经49天以内（从末次月经第一天算起）。并且子宫大小与停经天数符合的早期妊娠。大多数正规医院还要求妇女服药前先做B超检查，以排除宫外孕（宫外孕是药物流产的重要禁忌症），同时核查孕龄。服药（米索前列醇）后，孕妇必须留院观察4-6小时，由医务人员帮助确定胎囊是否排出。当天未见胎囊排出，则应该在1星期后复查。如发生大出血，可能为不完全流产，需要急诊刮宫，所以施行药物流产的医疗机构必须有刮宫和抢救条件。如果就诊的医疗场所没有以上设备、规定和措施，为安全起见。还是趁早与它“再见”为妙。
服药的全过程现在国内药物流产应用的药物主要有两种，即米非司酮与米索前列醇。多数医院的服法是：连续2天空腹服用米非司酮（剂量遵医嘱），服药后1小时最好禁食。第三天早晨，再空腹服米索前列醇。
服药后的反应服米非司酮时，不良反应轻，大多数妇女没有什么感觉。服完药后可回家，可以照常工作。少数人可能会轻度头晕、腹痛，有少量阴道出血（出血与否并不会影响流产效果）。服米索前列醇后，70%左右的人会在4-6小时内排出胎囊。这段时间内要留在医院，由医生观察这期间的出血、腹痛和排出物。因为等待时间较长，可以带些食品、报刊去医院，最好再准备一些卫生巾。
排出物什么样随血排出的胎囊，为粉红色的肉样组织，有时可见其中有一个小水泡。如在医院观察期间没有排出胎囊，回家后要注意观察阴道排出物。此时尤其要注意与血块鉴别（血块呈深紫红或黑红色，质地均匀而软），1星期后，要携带排出物到医院复查。少数妇女（4%-5%）仅服用米非司酮即会排出胎囊，如果出血不多，可用清洁小瓶盛放、保留排出物，第三天（原来预约服用米索前列醇的日子）带到医院检查，如果出血很多，则应立即携带排出物去医院急诊。
流产后的出血接受药物流产的妇女，流产后阴道出血的时间一般比接受刮宫术的妇女长。如果停经只有35天左右，一般出血较少。如果停经天数较多，则出血时间也会延长。总的来说，平均出血天数为14-18天。所以，流产后2个星期左右应该回医院复查。如果出血持续3个星期不净，或出血量大且伴有血块，则应及时做清宫术，以免留下后遗症，影响今后妊娠。
要不要休假按照国家规定，刮宫术流产后的休假时间为2个星期，药物流产后的休假与此相同。但临床上。很多妇女药物流产后没有按规定休假。一方面，是因为有些个体医生抓住妇女图方便或怕别人察觉的心理，欺骗她们药物流产可以不请假、不影响学习和上班。另一方面，妇女们自认为没有经历手术损伤，就可以少休息甚至不休息。实际上，药物流产引起的妊娠终止的生理变化同样存在，对妇女的身体同样会带来损伤。不好好休息，当时可能不觉得有何不适，但日后会有腰酸、腹疼，严重者会长期盆腔充血。
流产后的保健药物流产与手术流产一样，流产后的妇女要做好个人卫生保健，注意保持局部清洁，每天清洗外阴，使用清洁的卫生巾。因为流产后子宫尚未完全复原，宫口未完全关闭，所以要避免性生活，以防止感染。最好能禁欲1个月，尤其出血未止时，一定不要闯“红灯”。